卵巢囊肿的病因主要包括以下几方面：
第一，生理性囊肿。主要是卵巢内的卵泡长大之后没有及时排出所致。与患者平时生活规律改变以及生活习惯变化等原因有关，可能在下次月经或者是几个月经周期后自行消失。
第二，非生理性囊肿。如果持续出现卵巢囊肿，如巧克力囊肿、卵巢畸胎瘤等，不同的类型卵巢囊肿，发病原因也不相同，如果是卵巢的畸胎瘤，可能是卵细胞随着激素水平发生变化，逐渐增大。巧克力囊肿则是由于生活、工作压力过大，造成内分泌失调，子宫内膜异位到卵巢上所形成。
