胃肠间质瘤可能会对自然寿命造成影响，胃肠间质瘤是起源于胃肠道间叶组织的肿瘤，属于软组织肉瘤，肿瘤的大小、部位是影响预后的重要因素，如果没有出现转移的情况，通过早期的根治性手术治疗，有部分患者可达到临床治愈，5年生存率在65%左右。但有部分患者被诊断时已经是中晚期，或者在术后仍然会出现复发或转移，可能已经不具备手术指征，会影响治愈效果，5年生存率小于35%，不能通过手术切除的患者，生存期可能只有12个月左右的时间。
