十二指肠间质瘤如果肿瘤的体积较小，通常并不严重，但发展至一定程度时，则可造成严重的后果，如下：对于肿瘤较大者，十二指肠区域的精细度较高，因此可造成一定的风险。病灶位于胆胰与十二指肠交界的患者，由于无法采取局部的切除手术，需采取规模较大的胰、十二指肠切除术，可能会造成较大的创伤与风险。病灶位于空肠上段的十二指肠水平区域患者较为常见，由于检出较晚，肿瘤较大，进行手术治疗时相对困难。由于十二指肠间质瘤复发的可能性较高，因此即使在手术之后仍需定期随访。
