久咳不愈的原因多是未针对病因的治疗，导致其治疗效果不佳、迁延不愈。部分患者还可能因慢性咳嗽难以治愈，导致其反复咳嗽，比如可能与患者病毒和细菌感染所致的支气管炎、支气管肺炎、支气管哮喘、支气管扩张、百日咳、肺结核、慢阻肺等有关系。同时不排除和冷空气、花粉、尘螨、异常气味等导致的过敏性咳嗽有关系。此外，也可能是鼻炎鼻后滴流、胃食管反流、肺癌引起的慢性咳嗽。应在查清楚原因之后，根据不同的疾病给予不同的治疗。
