首先卵巢囊肿分生理性卵巢囊肿或病理性卵巢囊肿。生理性的囊肿的病因大多是与不良生活方式有关，比如不规律作息、不良饮食、心理方面压力过大等，会导致女性内分泌紊乱，从而增加引发生理性卵巢囊肿的几率。病理性的卵巢囊肿多由子宫内膜异位症引起，同时还可能是因为卵巢肿瘤造成的。有研究者认为，子宫内膜异位症与内膜的种植特性，或者与免疫调节异常、遗传基因有关。如果是卵巢肿瘤从而导致的囊肿，发病的原因主要是病人本身携带患病基因。
