不同时期孕酮低的原因不一样。非孕期，孕酮主要由卵巢排卵后形成的黄体分泌。月经前半周期孕酮低是正常现象。如果月经后半周期孕酮仍低，说明卵巢功能异常。无排卵、高催乳素血症、多囊卵巢综合征、早发性的卵巢功能不全和先天性的性腺发育不全，还有些其它的内分泌系统的疾病，比如先天性的肾上腺皮质增生症和甲状腺功能异常等，都会引起卵巢排卵的异常，导致孕酮低。怀孕后，妊娠黄体会继续分泌孕激素。孕期孕激素过低，可能预示胚胎发育不良，有胚胎停育和流产风险。
