导致胎儿先天性心脏病的原因比较多，有些是比较明确的，有些是不明原因的，通过化验检查也不一定能确定下来。比较明确的比如遗传，家族性的先天发育异常或者家族里携带异常基因，这种是一定会传给子代的，至于子代是否发病要看疾病遗传的方式，是常染色体遗传还是性染色体遗传，查找异常基因可以做染色体全外显子基因检测。
另有药物，射线，环境及不良生活习惯也会导致畸形。还有一些是找不到原因的，这次畸形可能只是偶然或小概率事件，再次怀孕可能一切就正常了。值得注意的是，有两次以上的畸形病史一定要查找到原因，以免再次畸形的发生。
