孕酮低只是一种表象，需要查找更深层次的原因，比如多囊卵巢综合征、早发性的卵巢功能不全、先天性的性腺发育不全、高催乳素血症、卵巢本身的病变，甚至其它的内分泌系统的疾病，比如先天性的肾上腺皮质增生症和甲状腺功能异常等，都可能会导致孕酮低，因此需要详细检查后制定治疗方案。
非妊娠女性的孕酮主要由卵巢排卵后形成的黄体分泌，在月经周期中不同的时期孕酮高低水平不同，孕酮低说明没有排卵或者黄体功能不好，没有排卵不能怀孕，排卵后黄体功能不好易流产，同时孕酮低可能影响子宫内膜的容受性，导致受精卵着床失败，自然也不能成功的受孕。
