治疗心脏神经官能症首先要排除某些特定疾病引起的临床症状，例如胸闷、心慌、气短的病人，首先应确诊是否有器质性心脏病，如果没有才可以考虑是发生了心脏神经官能症。
心脏神经官能症主要的治疗方法就是通过调整生活节律、睡眠充足，精神放松，缓解压力，多活动，这样可以帮助缓解心脏神经官能症的临床表现。
除此之外，还可以采用药物治疗，包括治疗焦虑的药物；伴有心动过速的病人，可以同时使用降低心率的药物；伴有高血压的病人可以同时使用降压的药物来缓解心脏神经官能症的症状；严重失眠的病人可以同时使用安眠药，这样也可以通过改善睡眠来缓解症状。
