开颅手术常见的后遗症包括颅内出血、感染、脑梗塞、局部血管、神经损伤、偏瘫、肢体活动障碍、失语、感觉异常。对于有些肿瘤患者有可能无法彻底切除，术后有复发的风险，有些脑出血、外伤的病人还需要去除骨瓣减压，术后二期行修补治疗。对于一些重症的患者，术后有可能无法苏醒，长期植物生存，有些患者还会有生命危险。
