胚胎停育最常见的原因为染色体异常，大约占到胚胎停育原因的60%，在下次备孕之前，最好做遗传病咨询，防止这种情况再次发生。
其次还包括母体免疫异常（如封闭抗体的缺乏）、内分泌异常、病毒感染、子宫畸形、子宫内膜受损等。除此之外环境因素也是影胚胎发育的重要因素，如药物滥用、辐射及毒物接触等。若具有两次不良妊娠史，不能盲目判断为母体因素，建议备孕前去正规医院就诊。
