目前子宫内膜异位症的确切致病原因尚未明确。但有一些学说，或可能的致病原因较被大家公认。常见的学说有经血逆流，月经期脱落的子宫内膜随着经血逆流，沿着输卵管进入盆腔，种植在卵巢和盆腔腹膜，并继续生长和蔓延，形成盆腔内异症。子宫腺肌瘤，子宫内膜异位在子宫肌层，常见于经产妇、多次妊娠后流产、慢性子宫内膜炎，被认为与子宫内膜基底层损伤，子宫内膜侵入子宫肌层生长所致。剖宫产术后的腹壁切口内异症或阴道分娩后会阴切口处出现内异症，可能是手术时将子宫内膜带到切口直接种植所导致的。
还有一些形成原因如子宫内膜通过淋巴或静脉向远处播散、体内的某种激素释放可以诱导未分化的组织形成了子宫内膜异位组织、免疫系统异常无法及时消除宫腔外的子宫内膜组织等，均可以造成内异症的形成。
