扁平疣的根治方法主要为:1、外用药物进行治疗。2、物理治疗,常用的物理治疗方法有冷冻、电灼、刮除、二氧化碳激光等。这些适合皮损数目比较少的患者。3、光动力治疗,如果患者皮损数目比较多,可以进行分批、分次的治疗,或采用光动力治疗的方案。4、口服药物,病情严重者可以在医生指导下服用药物进行治疗,注意不能滥用药物。而在治疗期间,患者要注意避免用力的搓擦患处,避免用盐水、酒精、醋等外洗患处。