孕酮主要由卵巢的黄体分泌，孕酮低说明卵巢功能异常，从而导致卵泡的发育、成熟和排卵功能障碍，或者排出的卵子质量不好，就不能成功怀孕。
同时孕酮低也会影响子宫内膜的容受性，即使是卵子和精子结合了，在受精卵着床的时候，子宫内膜的情况不适合受精卵着床和发育，也会导致受精卵着床失败，自然也不能成功的受孕。
孕酮低需要查找更深层次的原因，比如促性腺激素性的无排卵或者高催乳素血症，还有卵巢本身的病变，比如多囊卵巢综合征、早发性的卵巢功能不全和先天性的性腺发育不全，还有些其它的内分泌系统的疾病，比如先天性的肾上腺皮质增生症和甲状腺功能异常等，会引起卵巢排卵而导致不孕。
