在临床上，痛经是子宫内膜异位症最典型的症状，呈继发性伴进行性加重，常于月经来潮前1～2天开始，经期第1天最重，以后逐渐减轻，部分患者会有性交痛。子宫内膜异位至膀胱者，出现有周期性尿频、尿痛、血尿。腹壁瘢痕子宫内膜异位症则出现周期性局部肿块及疼痛。肠道子宫内膜异位症患者可出现腹痛、腹泻或便秘，甚至有周期性少量便血。异位内膜侵犯和压迫输尿管时，可出现一侧腰痛和血尿，但极罕见。同时子宫内膜异位症患者常伴有不孕，子宫内膜异位症患者中，不孕率40%～50%。
