试管婴儿胚胎停育的常见原因包括母体因素和胚胎因素。
母体因素：当母体存在梅毒螺旋体、流感病毒、巨细胞病毒、支原体、衣原体、弓形虫、单纯疱疹病毒等感染可引起胎儿染色体畸变而致胚胎停育；孕妇患心力衰竭、严重贫血、高血压、慢性肾炎及严重营养不良等缺血缺氧性疾病亦可导致胚胎停育。
胚胎因素：胚胎染色体异常是胚胎停育的主要原因，胚胎停育子代检查发现50%-60%有染色体异常，夫妇任何一方有染色体异常均可传至胚胎导致胚胎停育，除遗传因素外，感染、药物等不良作用亦可引起胚胎染色体异常而致胚胎停育。另外，胚胎停育通常发生在孕12周内。
