扁平疣可以自己消退,但是所需时间较长。或者患者也可以局部外用具有角质剥脱的药物或细胞毒性药物,这些药物对正常皮肤具有一定的刺激性,所以使用中仅涂于疣体上。或者也可以使用激光去除,激光治疗的效果比较显著,临床上常用激光治疗。需要患者注意的是,扁平疣可能会有点痒,但是患者一定不要用手去搔抓,否则会传播到自身其它部位。