试管婴儿移植后胚胎停育的几率其实与自然妊娠发生胎停的几率是一样的，最常见的因素是染色体异常，从预防角度考虑，可以考虑做第三代的试管婴儿以减少因染色体导致胚胎停育的概率。除此之外，免疫功能异常如孕妈患有抗磷脂抗体综合征等免疫系统疾病时，可以在医生指导下服用免疫抑制剂等进行保胎治疗。同时，当注意避免接触致畸药物、射线、巨细胞病毒、弓形虫及重金属等可能导致胚胎停育的因素。
