治疗扁平疣多采用外用药或者物理治疗，疣体多、皮损面积较大的患者可以使用外用药膏，如维A酸、
5-氟尿嘧啶软膏、咪喹莫特软膏、酞丁胺霜等。维A酸软膏使用同时要注意皮肤保湿。扁平疣发生在面部时，最好不用
5-氟尿嘧啶软膏，容易造成色素沉着。扁平疣只有散在几颗，可以选择激光或者冷冻等物理治疗。
扁平疣病程发展缓慢，搔抓可能引起自身传播，大多数能自行消退，复发的情况也不多。
