染色体异常，大约占到胚胎停育原因的60%，染色体异常导致胎停育最常发生的时间大概是在8到10周左右，停止发育的胚胎绒毛细胞染色体异常可达50-70%，异常的形式多为染色体非整倍体异常，
其次为染色体形态结构的异常。
胚胎的染色体异常一般不是家族遗传病所致，是精卵结合时发生的错误。环境因素，不良生活方式，心理精神的压力，孕妇的高龄等都是胚胎染色体异常的影响因素。
