黄连素对某些类型的肠炎有一定治疗作用，特别是细菌性肠炎。
黄连素的主要药理作用是抗菌消炎，对多种肠道致病菌如大肠杆菌、痢疾杆菌等有抑制作用，其适应症范围主要包括细菌性肠炎、腹泻等消化系统感染性疾病，临床疗效确切，尤其对于湿热泄泻、痢疾等中医辨证为湿热型的肠炎效果显著，使用方法一般为口服，成人每次0.3-0.5克，每日3次，儿童需根据体重调整剂量，注意事项包括不宜长期服用，一般疗程不超过一周，可能引起胃肠道不适如恶心、腹泻加重等副作用，与某些药物如乳酶生、活性炭等同时服用可能影响药效，孕妇、哺乳期妇女、儿童及肝肾功能不全患者应在医师指导下使用，替代治疗方案包括其他抗菌药物如诺氟沙星、蒙脱石散等，就医建议是症状严重或持续不缓解时应及时就医明确诊断。
日常使用黄连素治疗肠炎时，应注意饮食清淡易消化，避免辛辣刺激食物，保持充足水分摄入，注意休息，观察症状变化，若用药后症状无改善或加重，应及时就医，不可自行延长用药时间或增加剂量。
