怀孕40天可以进行药物流产，但需在医生指导下进行。
药物流产通常适用于怀孕49天内的宫内妊娠，40天处于可行范围内，但需确认孕囊大小和位置符合条件，需服用米非司酮和米索前列醇两种药物，先抑制孕激素再引发子宫收缩排出孕囊，成功率约90-95%，可能出现腹痛、出血等副作用，严重时需清宫，术后需注意休息、观察出血情况、禁止性生活一个月，并按时复查，相比人工流产创伤较小但出血时间可能更长，有哮喘、心血管疾病、过敏体质等禁忌证者不宜使用，术前需进行全面检查排除宫外孕可能，术后可能出现情绪波动需做好心理调适。
药物流产后需注意休息避免剧烈运动，保持外阴清洁防止感染，观察出血量如超过月经量或持续不净需及时就医，饮食清淡营养均衡，避免生冷辛辣食物，术后两周内避免盆浴和性生活，遵医嘱服用促进子宫收缩的药物，并按时复查确认流产完全及子宫恢复情况，同时注意情绪调节避免过度焦虑。
