男性衣原体感染常见症状包括尿道分泌物、排尿疼痛、尿频、尿急，部分患者可能出现睾丸疼痛肿胀或肛门直肠症状，少数情况下会出现生殖器溃疡、结膜炎、关节疼痛、喉咙痛或发热。
衣原体感染在男性中可表现为尿道分泌物（通常是稀薄、水样或粘液状）、排尿时的灼热感或疼痛、尿频和尿急等尿道刺激症状；若感染扩散至附睾，可导致单侧睾丸疼痛和肿胀；有肛交行为的男性可能出现肛门直肠感染症状，如直肠疼痛、分泌物、出血和里急后重；部分患者可能在生殖器部位出现溃疡；相当比例的男性感染可能无症状，但即使无症状也能传播给性伴侣；眼部感染可导致结膜炎；少数情况下，衣原体感染可能与Reiter综合征相关，表现为关节炎、结膜炎和尿道炎的三联征；感染还可能引起喉咙痛和轻度发热；长期未治疗的感染可能导致不育风险增加，这是由于精子质量和运输功能受损所致；衣原体感染还可能引发前列腺炎，表现为骨盆区域疼痛、排尿问题和性功能障碍。
男性衣原体感染者应避免性接触直至完成治疗并确认治愈，同时通知所有性伴侣进行检查和治疗，遵循医嘱完成全程抗生素治疗，即使症状消失也不应提前停药，治疗期间应避免饮酒，保持充分休息和水分摄入，定期复查以确认感染已清除，使用安全套预防再次感染，并注意个人卫生以防止交叉感染。
