头痛选择CT还是磁共振应根据临床具体情况而定，急性头痛怀疑颅内出血或头部外伤首选CT，而慢性头痛、怀疑脑部肿瘤、炎症或血管病变则优先考虑MRI。
头痛的特点与持续时间是选择检查方式的重要依据，突发剧烈头痛可能提示蛛网膜下腔出血，CT能快速诊断；长期反复发作的头痛可能与偏头痛或紧张性头痛有关，MRI能更好地排除结构性病变；头痛性质如搏动性、压迫性或持续性，伴随的恶心、呕吐、视力障碍或神经功能缺损症状，都能为检查选择提供线索；神经系统检查发现局灶性体征时，MRI能更清晰地显示脑实质、脑膜和神经组织的细微变化；既往有高血压、血管畸形或肿瘤病史的患者，MRI能提供更全面的评估；CT对急性出血和骨折的敏感性高，是急诊首选；MRI对软组织分辨率高，无辐射，能更好地显示脑白质、小脑脑干和后颅窝病变；辐射暴露对儿童和孕妇尤为重要，此时MRI更为安全；最终，临床医生会根据患者的具体情况和专业知识判断最适合的检查方式。
头痛患者应注意规律作息，避免过度劳累和精神紧张，保持充足睡眠，适当进行有氧运动，避免摄入可能诱发头痛的食物如酒精、咖啡因和巧克力，记录头痛发作的频率、强度和诱因，按医嘱服药，定期复诊，如头痛突然加重或出现新症状应及时就医。
