肛瘘无法通过药膏治愈，需要手术治疗，药膏只能暂时缓解症状，常用的有抗菌消炎药膏如红霉素软膏，止痛药膏如利多卡因凝胶，以及促进伤口愈合的药膏如重组人表皮生长因子凝胶。
肛瘘是一种由肛门周围感染形成的异常通道，单纯依靠药膏无法根治病因，必须通过手术彻底清除瘘管才能达到治愈目的，药膏在治疗过程中仅能起到辅助作用，如抗菌消炎药膏可以控制局部感染，减轻红肿热痛等症状，止痛药膏能够缓解排便时的剧烈疼痛，提高患者生活质量，促进伤口愈合的药膏则有助于术后创面的修复，保持局部清洁干燥非常重要，可使用温和的清洁剂清洗并保持干燥，术后护理药物如高锰酸钾溶液坐浴有助于预防感染和促进愈合，由于肛瘘类型和严重程度因人而异，治疗方案必须个体化，患者应在医生指导下选择合适的药物，不可自行随意用药，以免延误病情或产生不良反应。
日常生活中，患者应保持规律排便，避免便秘或腹泻，饮食宜清淡多纤维，避免辛辣刺激性食物，保持肛门周围清洁干燥，穿宽松透气的内裤，避免久坐久站，适当进行提肛运动增强肛门括约肌功能，同时戒烟限酒，增强免疫力，定期复查，遵医嘱完成全程治疗，避免病情反复或加重。
