唇腭裂主要由胚胎期面部发育异常导致，是遗传因素与环境因素共同作用的结果。
唇腭裂的发生与多种因素密切相关，遗传因素在其中扮演重要角色，具有多基因遗传模式，家族史是重要风险指标；环境因素如孕期营养不良，特别是叶酸、维生素B族等缺乏会增加患病风险；接触有害物质如农药、重金属、有机溶剂等也会显著提高风险；某些药物如抗癫痫药、激素类药物等可能影响胎儿发育；病毒感染如风疹病毒、巨细胞病毒等在孕早期感染可能导致畸形；孕妇吸烟饮酒会干扰胎儿正常发育；内分泌失调如甲状腺功能异常、糖尿病等代谢性疾病会增加风险；高龄妊娠由于卵子质量下降和染色体异常风险增加，也会提高唇腭裂的发生率。
孕妇在备孕及孕期应保持均衡饮食，补充叶酸等关键营养素，避免接触有害物质和环境污染，戒烟戒酒，谨慎用药，定期产检，控制慢性疾病，避免病毒感染，如有家族史应进行遗传咨询，这些措施能有效降低唇腭裂的发生风险。
