喝咖啡的坏处包括睡眠质量下降、心悸与焦虑、牙齿染色与龋齿风险、消化系统刺激、钙质流失与骨质疏松风险、依赖性与戒断症状、血压短暂升高、影响某些药物吸收与代谢、可能增加胆固醇水平（未过滤咖啡）以及孕妇健康风险（流产、低出生体重）。
咖啡因会干扰睡眠周期，导致入睡困难和睡眠质量降低，长期摄入还可能引发心悸和焦虑症状，咖啡中的酸性物质会染色牙齿并增加龋齿风险，同时刺激胃酸分泌引起消化不适。咖啡因会促进钙质从尿液中排出，长期大量饮用可能影响骨密度，导致骨质疏松风险增加，突然停止咖啡摄入会出现头痛、疲劳等戒断症状，咖啡因还会短暂升高血压，干扰某些药物的代谢过程，特别是未过滤的咖啡含有咖啡醇和咖啡白醇可能提高胆固醇水平，孕妇饮用过多咖啡因则可能增加流产和胎儿低出生体重的风险。
适量饮用咖啡，控制每日摄入量不超过400毫克咖啡因（约2-3杯标准咖啡），避免在睡前4-6小时内饮用，注意口腔卫生，有胃部不适、骨质疏松、高血压或怀孕的人群应限制或避免饮用，同时注意观察自身对咖啡的反应，必要时咨询医生调整饮用量或寻找替代饮品。
