胚胎停止发育的主要原因包括染色体异常、母体因素（如内分泌失调、免疫问题、子宫畸形或感染）、环境因素（如辐射暴露、药物或毒物接触）、父亲因素（如精子质量问题）以及不明原因。
胚胎停止发育的病因复杂多样，染色体异常是最常见的原因，约占早期流产的50%，包括染色体数目异常和结构异常。母体因素中，内分泌失调如黄体功能不全、甲状腺功能异常或高泌乳素血症会影响胚胎发育，免疫因素如抗磷脂抗体综合征或封闭抗体缺乏也可能导致胚胎停止，子宫畸形如纵隔子宫、黏膜下肌瘤或宫腔粘连会改变宫腔环境，而TORCH等感染则可能直接损害胚胎。环境因素中，电离辐射、某些药物（如致畸药物）、化学毒物（如甲醛、重金属）以及不良生活习惯（如吸烟、酗酒）均与胚胎停止发育相关。父亲因素主要体现在精子DNA碎片率增高，即使精子形态和活力正常，DNA损伤也可能影响胚胎发育。仍有部分病例无法明确具体原因，归为不明原因性胚胎停止发育。
面对胚胎停止发育，建议夫妻双方在备孕前进行全面孕前检查，包括染色体筛查、内分泌功能评估和免疫学检查，孕期避免接触有害物质和辐射，保持健康生活方式，戒烟戒酒，合理饮食，规律作息，发现异常及时就医，并在医生指导下进行后续处理和心理调适。
