阿莫西林的常见副作用包括胃肠道不适、过敏反应和皮疹。
胃肠道反应是最常见的副作用，表现为恶心、呕吐、腹泻和腹痛；过敏反应可能表现为皮疹、荨麻疹，严重时可能出现呼吸困难；血液系统异常如白细胞减少、血小板减少；肝功能损害可能导致转氨酶升高；肾功能异常可能引起间质性肾炎；二重感染和口腔或阴道念珠菌感染也可能发生；中枢神经系统反应如头晕、焦虑等较为罕见。
服用阿莫西林时应注意完整服用整个疗程，即使症状提前改善也不要自行停药；用药期间如出现严重腹泻、皮疹、呼吸困难或尿量减少等不良反应应立即就医；孕妇、哺乳期妇女及肝肾功能不全患者应在医生指导下使用；同时服用避孕药的患者应考虑额外避孕措施，因为阿莫西林可能降低避孕药效果。
