短效避孕药的常见副作用包括恶心、乳房胀痛、头痛、情绪波动、月经周期改变、点滴出血、体重变化以及性欲改变等，严重情况下可能增加血栓风险，尤其是对吸烟者、高血压患者及有血栓家族史的人群。
服用短效避孕药可能导致月经量减少或闭经，部分使用者会出现情绪波动或抑郁症状，同时可能增加静脉血栓和动脉血栓的风险，特别是35岁以上且长期吸烟的女性，还可能影响血压和血脂水平，与某些抗生素、抗癫痫药物和草药圣约翰草等存在相互作用，漏服或不当使用会降低避孕效果并增加不规则出血风险。
服用短效避孕药期间应定期进行健康检查，包括血压监测、乳房检查和必要的血液检查，避免吸烟，保持健康生活方式，如出现严重副作用如胸痛、呼吸困难、视力改变或严重头痛应立即就医，严格按照医嘱服药，避免漏服或随意停药，同时注意与其他药物的潜在相互作用。
