辣木籽可能引起胃肠道不适、低血压、影响孕妇、干扰药物代谢、引发过敏反应以及过量导致腹泻等副作用。
辣木籽中的生物活性成分可能导致胃部不适、恶心、腹胀等消化系统问题，其降压特性可能使血压过低者出现头晕、乏力等症状。孕妇应避免使用，因为其可能刺激子宫收缩。辣木籽中的化合物可能影响肝脏酶系统，改变药物代谢速度，特别是抗凝血药、降压药和糖尿病药物。部分人可能对辣木籽过敏，出现皮疹、呼吸困难等症状。过量食用会因其中的皂苷和生物碱成分刺激肠道，导致腹泻甚至脱水。
虽然辣木籽具有一定的营养价值，但使用时应控制摄入量，避免长期大量食用，特殊人群如孕妇、哺乳期妇女、低血压患者以及正在服用药物者应在医生指导下使用，如出现不适症状应立即停止并就医。
