羊水穿刺不能100%排除胎儿畸形。
作为产前诊断技术，羊水穿刺通过抽取羊水分析胎儿细胞，可检测染色体数目和结构异常，如唐氏综合征、爱德华氏综合征等，诊断准确率高达99%以上，对单基因遗传病（如地中海贫血）也有较高检出率。但其检测范围存在局限性，无法覆盖所有类型的胎儿畸形。
胎儿畸形的成因复杂多样，除染色体异常外，基因突变、母体因素（如孕期感染、药物暴露）、环境因素（如辐射、化学物质接触）等均可能导致畸形。例如，先天性心脏病、神经管缺陷（如脊柱裂）、唇腭裂、肢体残缺等结构畸形，以及代谢性疾病、听力视力障碍等功能异常，可能因未伴随染色体或基因异常而无法被羊水穿刺识别。此外，部分畸形可能在孕晚期才显现，或因检测技术灵敏度限制而漏诊。
羊水穿刺属于有创操作，存在约0.5%-1%的流产风险，还可能引发感染、出血或羊水渗漏。因此，即使羊水穿刺结果正常，孕妇仍需结合超声检查（如四维彩超）、无创DNA检测等手段，并按时进行产检，以全面评估胎儿发育情况。
