藿香正气水不能与头孢类药物、甲硝唑、华法林、抗凝药、降糖药、镇静安眠药、对乙酰氨基酚、其他含乙醇的药物、抗生素、抗过敏药同时服用。
藿香正气水含有乙醇成分，与头孢类药物同服可能引起双硫仑样反应，严重时可导致呼吸困难、心悸甚至休克。与甲硝唑合用会增强中枢神经系统抑制作用，增加意识模糊风险。与华法林等抗凝药联用可能增强抗凝效果，导致出血倾向。与降糖药合用会增强降糖效果，引发低血糖反应。与镇静安眠药同服会加强中枢神经抑制，可能导致嗜睡、呼吸抑制。与对乙酰氨基酚合用会增加肝脏代谢负担，可能引发肝损伤。与其他含乙醇的药物同时服用会加重乙醇对胃肠道的刺激。与某些抗生素如红霉素、克拉霉素等合用会影响药物代谢，增加不良反应风险。与抗过敏药如氯苯那敏、苯海拉明等同服会增强中枢抑制作用，导致严重嗜睡。
服用藿香正气水期间应避免饮酒及含酒精饮料，注意观察身体反应，如出现不适症状应立即停药并就医，服药期间不宜驾驶车辆或操作机械，同时应保持充足水分摄入，避免与其他药物间隔时间过短，最好在医生指导下合理用药，特别是慢性病患者和正在服用其他药物的人群更应谨慎。
