小儿消化不良是由多种因素引起的，主要包括饮食、疾病、环境、药物、生理、心理以及寄生虫感染等方面。
小儿消化不良的病因复杂多样，具体来说，饮食因素方面，不合理的喂养方式如不定时、不定量喂奶，或过早添加辅食、饮食结构不合理，长期食用精细食物、高蛋白、高糖饮食，以及进食过多、过快等，都容易加重胃肠负担，导致消化不良；疾病因素方面，常见的胃肠道疾病如胃炎、胃溃疡、肠炎等，以及全身性疾病如感染、发热等都会影响消化功能；环境因素中，气候变化如寒冷、炎热，地理环境变化如海拔高度、水质差异等也可能诱发消化不良；药物因素方面，某些药物如抗生素、非甾体抗炎药等的副作用可能会损伤胃肠道，影响消化功能；生理因素方面，儿童的消化系统尚未发育成熟，胃酸和消化酶分泌不足，胃肠道调节功能较差，对食物的耐受力差，也容易引起消化不良；心理因素方面，精神紧张、焦虑、恐惧等情绪波动会影响胃肠道运动和消化液分泌，从而导致消化不良；寄生虫感染如蛔虫、绦虫等，以及其他因素如食物过敏、中毒等也可能引起小儿消化不良。
预防小儿消化不良，日常生活中需要注意合理安排饮食，定时定量，避免暴饮暴食，根据儿童年龄和消化能力选择合适的食物，并注意饮食卫生；同时，保持良好的生活习惯，注意腹部保暖，避免受凉；还要注意观察儿童的身心状态，及时纠正不良情绪，避免过度紧张和焦虑；对于患病儿童，要积极治疗原发病，避免滥用药物，特别是抗生素类药物。
