巧克力囊肿的治疗主要包括药物治疗和手术治疗两种方法。药物治疗以激素类药物为主，手术治疗则适用于囊肿较大或药物治疗无效的患者。
药物治疗是通过口服避孕药或注射促性腺激素释放激素激动剂来抑制雌激素的生成，从而使异位的子宫内膜萎缩，达到缓解症状和减小囊肿的目的。激素治疗通常需持续数月至一年不等，期间要定期复查，根据病情调整用药。手术治疗包括经开腹或腹腔镜进行囊肿剔除术、囊肿穿刺术或全子宫切除术等。手术能迅速去除囊肿，缓解症状，但有一定的复发风险。对于年轻有生育需求的患者，医生会尽量保留生育功能，选择合适的手术方式。
日常生活中要注意饮食均衡，多吃富含纤维的食物，保持大便通畅，避免辛辣刺激和生冷食物。适当进行体育锻炼，增强体质，但应避免剧烈运动。保持良好的作息习惯，避免熬夜。定期进行妇科检查，尤其是有家族史的女性，更应提高警惕。若出现月经不调、痛经、不孕等症状，要及时就医。在性生活中注意个人卫生，避免交叉感染。避孕也是重要的环节，避免意外怀孕导致人流，对子宫造成伤害。
