肠镜和胃镜的痛苦程度以及接受度，由于患者个人心理承受程度不同，所以不能分辨。
- 肠镜检查时，需要通过患者肛门进镜，因为肠道弯曲的地方比较多，容易使肠道成袢，在成袢后解袢的过程中，患者可能会出现腹胀、腹痛等症状。一些体型比较肥胖或者过度瘦弱的患者，以及有过腹部手术使的患者，腹腔中可能存在粘连，也会增加肠镜检查的痛苦程度。
- 患者做胃镜时需要先排空胃部，即胃镜检查前的8小时不能喝水不能吃东西，可分为普通胃镜和无痛胃镜。胃镜需要从患者的口腔进入，依次经过食管、贲门进到胃里，到达胃窦部，再进入十二指肠球部检查，在整个过程中，患者会因为刺激感到恶心、呕吐。如果患者是无痛胃镜，基本上没有不适症状。
