小肠坏死性结肠炎的主要治疗方法有一般治疗、药物治疗、手术治疗等。具体如下：
患者应立即禁食，通过静脉补充液体来维持营养。若患者有腹胀表现，用连接吸引器的双腔鼻胃管来减轻肠道积气，以此达到胃肠减压的目的。
部分患者还可能会因腹胀而滋生细菌，可应用抗生素药物，如头孢曲松钠等。以上提及药物建议在医生指导下使用，避免自行用药。
若通过保守治疗未达到较好的治疗效果，甚至出现进行性恶化，医生可以通过手术将患者坏死部分的肠段切除。最常用的手术方法就是回肠肛门结合术以及全结肠切除术。
