真菌性角膜炎如果病情比较轻微，通常治疗至少需要6周。如果病情严重，治疗周期相对较长，可能需要三个月及以上。
- 真菌性角膜炎感染后如果及时就医治疗，感染灶相对表浅、真菌菌株毒性不强，且没有对药物产生耐药性，那么在积极全身及局部抗真菌药物治疗后，往往能达到较好的杀菌效果，但要注意抗真菌药物起效慢，治疗需要至少持续6周。
- 如果患者真菌感染后没有及时就医用药，或者使用了错误的药物，如局部激素滴眼液可导致感染扩散、病情恶化。合并有眼球外伤、异物入眼的真菌性角膜炎往往感染灶较深，容易向眼内其他组织蔓延，治疗较棘手，还有部分真菌药敏培养后显示对抗真菌药物不敏感，这些患者往往治疗效果较差，容易出现角膜穿孔等严重并发症，治疗周期也相对较长，可能需要三个月以上的治疗时间。
