引起贲门失弛缓症的原因不明确，可能与神经遗传、精神、病毒感染等因素有一定的关系。
贲门失弛缓症多是由食道神经和肌肉功能出现障碍所引起的功能性疾病，分为原发性贲门失弛缓症和继发性贲门失弛缓症。原发性贲门失弛缓症一般多是由于神经异常导致的。
继发性贲门失弛缓症多是由于恶性肿瘤(比如：胃癌、食管癌、肺癌等)、淀粉样变结节病、神经纤维瘤、胃肠炎、慢性特发性假性肠梗阻等原因导致的。
除了上述原因外，贲门失弛缓症也具有一定的诱发因素，最常见的为情绪因素。
