胸腔镜检查的适应证主要包括胸膜疾病，比如脓胸、胸膜间皮瘤、外伤、气胸、恶性胸腔积液等。
另外常见的肺部疾病，比如良性肿瘤的切除，部分肺癌患者确诊，以及肺气肿的肺减容，食管内的疾病包括食管平滑肌瘤、食管憩室、贲门失弛缓症、早期的食管癌等。纵隔疾病包括纵隔肿瘤囊肿以及其他的心肺外伤等都是胸腔镜手术的适应证。
大的范围来讲，只要是胸腔内的病变，能够使用胸腔镜治疗的尽量使用胸腔镜，只要没有相关的禁忌证，就可以使用胸腔镜进行治疗，因为这种治疗方法对人的创伤非常小，恢复起来比较快。
