肺栓塞的治疗周期受病情严重程度、治疗方案、治疗时机、年龄体质等因素影响，可存在个体差异。
发生肺栓塞后，患者要根据病情常予以抗凝或溶栓治疗，如果是简单的缓解临时症状，2-3周即可将肺内血栓解除。如果想要使肺栓塞不再出现，要针对引起肺栓塞的致病因素进行治疗，解除肺栓塞以后需要进行抗凝治疗，通常后续的抗凝时间在3个月到1年左右。
如果患者持续高危因素不能解除，肺栓塞的抗凝治疗时间也会延长，部分患者可能需要终身治疗。
