会厌囊肿在治疗方面以手术治疗为主，但是也要根据囊肿的形成原因以及大小而定。
如果会厌囊肿体积较小且属于良性病变，未伴有其他不适症状，不需要做特殊处理，定期到医院做动态观察即可。
如果囊肿体积比较大，伴有明显的咽喉部瘙痒、疼痛等不适症状，未及时采取措施治疗，可能会引起气道阻塞、呼吸困难等。需要在喉窥镜下做会厌囊肿切除术，该手术有复发性小、无痛苦、恢复快的特点，术后要谨遵医嘱服用氧氟沙星、阿奇霉素等抗生素预防感染，减轻术后咽喉部水肿、充血等症状。
