一般情况下，没有造血干细胞移植后最常见的并发症的说法，由于个体差异性，患者可能会出现以下并发症：
移植后患者免疫机能重度低下，可能会引起细菌、真菌、病毒等病原微生物的感染，造成不同程度的发热症状，甚至因感染引发休克等严重并发症。感染是移植后最常见并发症。
异体移植后，由于供者和患者HLA配型上的差异，导致移植后患者出现移植物抗宿主病，是供者的T细胞对患者自身器官、组织、细胞的攻击。严重的移植物抗宿主病可造成患者多脏器功能损伤。是移植后的主要并发症之一。
其他常见并发症还有脏器功能损伤、出血、植入失败、出血性膀胱炎、肝静脉闭塞性疾病等。
