一般情况下，造血干细胞移植后口腔溃疡可以通过以下几种方式处理：
建议在日常生活中多食用水果和蔬菜，并且注意每日的饮水量，避免口腔过度干燥，可以在一定程度上辅助口腔溃疡的治疗。
患者需要在医生的指导下，合理使用葡萄糖酸氯己定含漱液、康复新液等药物漱口，控制口腔感染，促进口腔黏膜再生。也可以配合使用生长因子、粒细胞集落刺激因子等药物局部涂抹或漱口，也可以能够有效的促进口腔溃疡愈合。一些特殊化疗药物引起的口腔黏膜溃疡，例如甲氨蝶呤所致的黏膜溃疡，可以使用特异性解毒药物亚叶酸钙进行治疗。
建议还可以到正规医院接受进一步检查，并且根据检查结果进行物理治疗，主要为激光照射，刺激口腔黏膜基底层细胞再生，也能够起到修复口腔黏膜的作用。
