感染是造血干细胞移植后的主要并发症。特别是异基因造血干细胞移植的患者，在造血重建后还将面临移植物抗宿主病等许多问题，需要较长时间使用抗排异药物，更容易出现各种感染。
绝大部分感染都以发热为主要症状。重症感染可以出现高热，伴有寒颤，体温呈弛张热或稽留热型，甚至引起休克等血流动力学改变。不同的感染部位有不同的感染伴随症状，最常见的呼吸道感染多伴有咳嗽、咳痰、喘息等症状。
消化道感染可有呕吐、腹泻、腹痛等症状。泌尿道感染多有尿频、尿急、尿痛等症状，中枢神经系统感染则可出现头痛、喷射性呕吐等症状。
