造血干细胞移植主要分为三大步骤，一是术前的准备，二是进行手术，三是移植后的治疗。
造血干细胞移植手术前要对患者进行全面的身体检查，确定患者具有移植的明确适应证且不存在禁忌移植的情况。移植前首先通过常规化疗充分控制疾病，为移植创造条件。异体移植前要获得配型相合的供者，自体移植前要预先采集并冻存患者自体干细胞。
患者经过超大剂量化疗预处理后，在医生的操作下将异体供者的造血干细胞取出，或将患者冻存的自体干细胞复温，然后通过中心静脉回输到患者的身体中，从而完成造血干细胞移植手术。
移植后患者会经历2周左右的骨髓衰竭期，随着回输的干细胞不断分化成熟，造血逐步恢复。异体移植患者可能会出现一定的排异反应，此时需要在医生的指导下应用免疫抑制剂，如环孢素等药物进行治疗。同时要注意抗感染，避免出现急性感染的情况。
