造血干细胞移植排异反应主要表现为移植物抗宿主病，也就是GVHD。是由于植入的异体造血干细胞中的供者T淋巴细胞活化，攻击受者自身的器官组织和细胞所致。
造血干细胞移植根据供体不同，可以分为自体造血干细胞移植和异体造血干细胞移植。自体造血干细胞移植由于移植的干细胞来源于自身，不会出现GVHD。异体造血干细胞移植后可能出现GVHD。异体移植前需要接受严格的组织相容性配型，也就是HLA配型。即使HLA配型全相合，也只代表部分主要位点相合，而次要位点不进行配型。因此除同卵双生子外，其他个体之间的配型是不可能做到完全的组织相容性匹配的。
患者在移植前需要接受超大剂量化疗或放疗，彻底摧毁自身造血和免疫，因此患者自身的T细胞不可能对供者的造血细胞发起攻击。而回输供者的造血干细胞中的T淋巴细胞具有正常的免疫活性，通过组织相容性识别后，就会对具有部分位点不合的受者器官、组织和细胞发起攻击，造成功能损伤。
GVHD常累及胃肠道系统、肝脏、皮肤，引起疱疹、发热、腹泻、黄疸等情况，需要及时进行治疗。
