造血干细胞移植后排异反应主要是移植物抗宿主病，可以导致身体各脏器的损伤，产生多种表现。其中主要有以下几方面表现：
造血干细胞移植后植入的异体造血干细胞攻击患者皮肤基底层细胞，造成患者皮肤水泡、疼痛甚至大面积剥脱。皮损的面积和严重程度是评定移植物抗宿主病严重程度的重要指标。
植入的异体干细胞攻击患者肠黏膜上皮细胞可以造成腹痛、腹泻、血便、肠梗阻等肠道症状。腹泻的程度和其他腹部症状也是评估移移植物抗宿主病的主要指标。
是肝脏移植物抗宿主病的重要表现，表现为皮肤黏膜黄染，肝功能升高，甚至导致肝衰竭。胆红素水平也是移植物抗宿主病的重要评价指标。
发热、血细胞减少、肝静脉闭塞性疾病也是移植后移植物抗宿主病的常见表现。
