白塞病一般不能自愈，且白塞病仅有极少数的患者可以达到治愈目的。如果未进行及时有效的治疗，对于发生眼病者，还有可能会产生失明等严重的后果。
大多数的白塞病患者病程比较长，容易反复发作。但发作的持续时间以及轻重程度有较大的差异，大多数患者需要长期间歇性治疗。白塞病的主要治疗目的为控制现有症状，防止重要脏器受到损害，通过有效治疗后，尽量延缓疾病进展。
临床上主要的治疗措施为药物治疗，如果在进行药物治疗后，血管有破裂的风险或者已经影响心脏功能，则建议采取手术治疗。
