甲状腺相关眼病治疗方法一般由病情决定，根据其严重程度、分期和不同表现，甲状腺相关眼病的治疗方法均不相同。
病情一般一段时间后被免疫系统自动清除，不会严重发展，治疗方式主要以基础治疗为主，不需要进行免疫抑制治疗，基础治疗包括强制性戒烟、有效控制甲状腺功能和一些局部保护措施等。
在轻度甲状腺相关眼病治疗方式的基础上，可以选择非手术治疗或手术治疗。非手术治疗包括使用免疫抑制治疗，如眼眶放射治疗、糖皮质激素、免疫抑制剂、生长抑素类似物、免疫球蛋白等，如甲硫咪唑和丙硫咪唑等。手术治疗一般指康复性手术治疗，包括眼眶减压术、斜视矫正术、眼睑延长术、眼睑成形术等。
甲状腺功能严重异常并伴有视神经病变，治疗应采用包括糖皮质激素和眼眶减压手术等治疗方法，情况更加严重的如角膜脱落型患者，需紧急给予促进角膜康复的暂时性治疗措施，如眼睑缝合术、睑缘缝合术及使用抗生素如阿莫西林药物等预防角膜感染。
